高企申报时注意事项：
1.研发项目界定应吻合《重点支持技术领域》（详见《高企认定管理办法》），从而归纳选定本企业申报高企的技术领域；
2.研发项目所研发的技术目标既要体现行业先进性，也要结合企业实际。每年评审专家都否定一部分企业的低水平研发项目或编造不切实际的“前沿高水平”项目，项目对应的研发费用、成果转化也被剔除。
3.日常要做好研发项目档案管理，包括研发项目立项报告、中期检查报告纪要、结题报告、测试报告等。高企认定申报时候上传相关文档作为附件证明项目真实性、先进性和管理规范性的证明。
4.重视研发项目所形成的成果管理，并通过知识产权申报加以保护。
ps：每年各级政府部门均有大量资助企业研发创新的财政经费可供申报，企业申请获得支持有利于加强研发投入、项目组织。
企业拥有的知识产权是衡量企业创新能力重要指标，也是是高企申报创新能力评价重要指标，占30分权重。其中，技术先进程度（8分）、核心支撑作用（8分）、数量（8分）、获得方式（6分）。而且，知识产权的数量、技术水平、对产品支撑作用还涉及高企申报的科技成果转化评价模块。也就是说，企业知识产权的数量和质量是事关高企申报评价60分权重的核心。
不同类型知识产权可用于申报次数不同、分值不同。发明专利、植物新品种、农作物品种、新药、中药保护品种、集成电路布图设计专有权等属ⅰ类知识产权；实用新型、外观设计、软件著作权等（不含商标）属ⅱ类知识产权。ⅰ类知识产权可以重复多次用于高企申报，ⅱ类知识产权只能用于申报一次。在知识产权数量评分标准上，企业拥有1件ⅰ类知识产权即可获得a档分（7-8分）；如果企业只有ⅱ类知识产权，尽管数量超过5件，最高只能获得b档分（5-6分）。
注意事项：
高企认定申报中，企业知识产权可以通过自主研发、受让、受赠、并购获得；
自主知识产权有多个权属人时，只能由一个权属人在申请时使用；
申请认定时专利的有效性以企业申请认定前获得授权证书或授权通知书并能提供缴费收据为准。
1.不断完善企业研究开发的组织管理制度，特别是项目立项、项目中期目标管理、项目结题成果管理制度，规范研发投入核算体系，实行研发费用辅助账或专账核算；
2.建立健全企业的研究开发机构，加强研发机构的软硬件建设，积极探索与高校科研院所开展多种形式产学研合作；
3.建立了符合本企业情况的科技成果转化的组织实施制度，强化科技成果转化激励机制，建立开放式的创新创业平台，激发员工创新热情；
4.选送科技人员的培养进修，开展职工技能培训，引进优秀科技人才，对科技人才实行创新绩效评价和奖励，并通过制定制度。
科技成果转化是指为提高生产力水平而对科技成果进行的后续试验、开发、应用、推广直至形成新产品、新工艺、新材料，发展新产业等活动。
在高企认定申报时，主要考核企业最近3年内科技成果转化的年平均数。
科技成果包括发明专利、植物新品种、农作物品种、新药、中药保护品种、集成电路布图设计专有权、实用新型、软件著作权、外观设计、产品检测方法、生产（服务）技术规范等。
科技成果转化结果是新产品、新工艺、新材料等。
按照2016年高企《管理办法》《工作指引》规定：
1.企业近三个会计年度（实际经营期不满三年的按实际经营时间计算，下同）的研究开发费用总额占同期销售收入总额的比例符合如下要求：
（1）最近一年销售收入小于5,000万元（含）的企业，比例不低于5%；
（2）最近一年销售收入在5,000万元至2亿元（含）的企业，比例不低于4%；
（3）最近一年销售收入在2亿元以上的企业，比例不低于3%。
其中，企业在中国境内发生的研究开发费用总额占全部研究开发费用总额的比例不低于60%。
2.近一年高新技术产品（服务）收入占企业同期总收入的比例不低于60%。
认定高企后，如何优化企业内部管理？
1. 企业应结合自身发展战略制定三年科技研发规划，围绕不同研发目标制定阶段性研发项目实施时间表，做好研发投入概算；
2. 建立科学的人力资源管理机制，测算企业员工招录使用需求，加强科技人员招聘引进，确保科技人员比例符合高企比例要求；
3. 做好知识产权规划，明确企业在下一个认定周期不同类型知识产权申报计划，使企业可以持续获取有效知识产权，强化企业技术成果的知识产权壁垒；
4. 加强研发部门、研发机构能力建设，完善研发组织管理体系，健全研发费用核算体系，确保研发费用达标，加强科技人员激励；
5. 科学、高效推进科技成果转化，以新产品、新工艺、新材料应用为突破口，谋划企业产品服务的升级换代，以技术竞争力牵引企业市场竞争力的提升；
6. 企业发生更名需要及时办理高企更名手续，与认定条件有关的重大变化（如分立、合并、重组以及经营业务发生变化等）应在三个月内经由市科技部门向省认定机构报告，并履行相关变更手续，以免影响企业享受税收减免政策；
7. 及时准确做好高企年度、季度统计填报工作，营业收入、上缴税收、利润等指标与企业年度纳税申报表一致，专利申请授权、科技人员、成果转化、研发机构等信息与企业过去以及将来认定申报数据一致。
一些高企认定申报经验，2017年准备申报的企业不妨参考一下：
高新认定不能通过的几种可能
1. 成长性不好的企业，且授权的知识产权少于10个；
2. 研发费用日常做帐不规范，被税务抽查后提供不出有效的证明；
3. 总收入中，贸易产品的收入占比较大；
4. 专项审计时从成本中挖研发费；
5. 网上申报时，企业提供的证明附件材料不充分。