第一步 做好前期规划
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是要确定有利的产业领域
我国高新技术企业涉及的产业领域很多，有电子产业、机电一体化、生物工程、软件开发、集成电路等等，不同领域产业所涉及的税收政策也不尽相同，这就要求领导者认真考虑不同领域税收政策的差异，进行必要的税收规划。
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是要办理必要的资质认定
高新技术企业税收优惠政策的享受，往往是建立在企业资质之上，每项政策优惠最终能否获得，关键看当地主管税务机关的认可和审批，其直接依据就是各类资质证书文件。所以，企业应尽快申报自身的知识产权或提前安排以独占使用方式拥有该自主知识产权，取得高新技术企业证书、软件企业证书等资质至关重要，这也是税收筹划不得不把握的关键环节。
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是要与税务机关保持良好的沟通
一项税收优惠能否获得，税收筹划能否成功，最终决定在当地税务机关对税收优惠的审批这一关上，这就要求企业的相关财务人员和管理人员时常与当地税务部门保持良好的沟通，及时了解和掌握最新信息，适时调整纳税筹划策略，才能保证筹划的时效性、超前性和成功率。
第二步 明智选择纳税人身份
首先
最近新修订的增值税条例对小规模纳税人不再设置工业和商业两档征收率(6%和4%)，将征收率统一降低至3%。同时对小规模纳税人标准也作了调整，将工业和商业小规模纳税人应税销售额标准分别从100万元和180万元降为50万元和80万元。该项规定的调整，无疑大大减轻了中小型高新技术企业，尤其是初创期的高新技术企业的税负。
其次
高新技术企业的产品多为高附加值产品，增值率高的可达60%以上，但其消耗的原材料少，因而准予抵扣的进项税额较少。
再次
企业在暂时无法扩大经营规模的前提下，实现由小规模纳税人向一般纳税人的转换，必然要增加会计成本。如增加会计账簿，培训或聘请高级的会计人员等。如果小规模纳税人由于税负减轻而带来的收益尚不足以抵减这些成本的支出，则宁可保持小规模纳税人的身份。
最后
企业购入的专利权、非专利技术等无形资产，被排除在可抵扣的进项税额的范围外，这无疑加重了利用先进技术的高新技术企业税收负担，直接影响了高新技术企业的发展。
总之，高新技术企业由于生产的大多为高附加值产品，这些技术含量高、增值率高的高新技术产品中可以抵扣的进项税的成本含量很低。
所以，对于规模不大的高新技术企业，选择为小规模纳税人较合适；对规模较大的高新技术企业一般纳税人，可以通过分立的形式，尽可能降低分立后各自的销售额，使其具备小规模纳税人条件而变为小规模纳税人，从而取得节税利益。
第三步 利润最大化原则
企业所得税法第八条规定，企业实际发生的与取得收入有关的、合理的支出，包括成本、费用、税金、损失和其他支出，准予在计算应纳税所得额时扣除。
具体来讲，原计税工资标准取消，可以按实际支出列支；广告费和业务宣传费扣除标准、捐赠扣除标准、研发费用加计扣除条件放开，对于内资企业来说，扣除限额得到大幅提升。高新技术企业可以在新所得税法限额内，在不违规的前提下，采用“就高不就低”的原则，即在规定范围内充分列支工资、捐赠、研发费用及广告费和业务宣传费等，尽量使扣除数额最大化，实现企业税后利润最大化。
例如，新《企业所得税法》第30条规定：企业开发新技术、新产品、新工艺发生的研究开发费用，可以在计算应纳税所得额时加计扣除。未形成无形资产计入当期损益的，在按照规定实行100%扣除的基础上，按照研究开发费用的50%加计扣除；形成无形资产的，按照无形资产成本的150%摊销。结合过渡期税收优惠政策，特区新办高新技术企业“三免三减半”，西部地区鼓励类企业“两免三减半”的优惠，对于研发费用集中性的投产初期的企业可以做一定的选择,以便能充分享受税收优惠。
第四步 用足用好优惠政策
税收筹划是一项复杂的系统工程。企业通过税收筹划可以将各项税收优惠政策及时、充分享受到位。
《高新技术企业认定管理办法》规定：新设高新技术企业需经营一年以上，新设立有软件类经营项目的企业可以考虑先通过申请认定“双软”企业资格，获取“二免三减半”的税收优惠政策，五年经营期满后，再申请高新技术企业优惠政策，能获取更大的税收利益；无法挂靠“双软”企业获得优惠政策的企业，可以通过收购并变更设立一年以上的公司获取高新技术企业的税收优惠政策。
增值税的税收优惠政策在不同的时期都有许多条款，如：免征增值税、不征收增值税、软件生产企业软件产品的增值税实际税负超过3%的部分实行即征即退政策，集成电路产品其实际税负超过6%的部分，增值税实行即征即退政策，一般纳税人销售用微生物、微生物代谢产物、动物毒素、人或动物的血液或组织制成的生物制品，可按6%的征收率计算纳税，并准许开具增值税专用发票等等。高新技术企业要具体分析本单位的实际情况，同税收优惠政策的条款相对照，用足用好税收优惠政策。
在新《企业所得税法》中，有利于高新技术企业发展的税收优惠政策更是随处可见。举例如下：
一是对于符合国家需要重点扶持的高新技术企业减按15%的所得税优惠税率，其中对于研究开发费用占销售收入总额的比例作出了规定，因而对于欲享受高新技术企业税收优惠的企业必须对研发费用从长计划。
二是创业投资企业采取股权投资方式投资于未上市的中小高新技术企业2年以上的，可以按照其投资额的70%在股权持有满2年的当年抵扣该创业投资企业的应纳税所得额；当年不足抵扣的，可以在以后纳税年度结转抵扣。
三是一个纳税年度内，居民企业转让技术所有权所得不超过500万元的部分免征企业所得税，超过500万元的部分，减半征收企业所得税。
四是企业的固定资产由于技术进步等原因(产品更新换代较快的固定资产；常年处于强震动、高腐蚀状态的固定资产)，确需加速折旧的，可以缩短折旧年限或者采用加速折旧的方法。采用加速折旧的方法，从税收的角度看比直线法可以增加当年的费用，抵减企业应纳税所得额。高新技术企业进行税收筹划时应做好准备，规划好企业的经营范围、研发费用、高新收入、科技人员等关键性的技术点。
另外，高新技术企业在日常核算中也要关注细节。在财务核算上，注意税务处理与会计处理的差异；避免将资本性支出变为经营性支出；正确区分各项费用开支范围，注意不要将会务费、差旅费等挤入业务招待费；在免税和减税期内应尽量减少折旧，在正常纳税期内应尽量增加折旧获得资金的时间价值等等。
值得指出的是，税收筹划作为纳税人的一种理财手段，可以为企业节约纳税，实现经济效益最大化，壮大企业经济实力，但也存在筹划不当违法偷税的风险。因此，高新技术企业应立足资源优势，不断加大技术创新的投入和产出，遵循科学的税收筹划原则，正确掌握和熟练运用税收筹划策略，才能真正取得税收筹划的成功，为企业创造出较高的经济效益。