省民营科技企业备案工作采取企业自主评价、属地化管理、省级备案的工作模式。备案条件和指标、备案工作流程、企业信息填写、材料提交、审查确认要求等按照《江苏省民营科技企业备案工作指引（试行）》（苏民科协〔2018〕10号，以下简称《工作指引》）规定执行。
江苏省民营科技企业备案采取常年受理、集中备案的方式，江苏省民营科技企业管理信息系统（网址：www.jsmykj.org.cn）全年受理企业注册、填报。2019年分三批次集中受理，截止时间分别为：6月30日、8月31日、10月31日，即日起企业可根据实际情况自主选择备案批次，提交申请材料的截止时间以推荐单位通知为准。
各地科技主管部门可组织有关单位对企业申请材料进行审核，在线提交审核意见，对符合备案条件的企业提出备案意见，通过系统导出《江苏省民营科技企业备案推荐汇总表》于每批次截止时间后3个工作日内报省民营科技企业协会，并将电子版发送至邮箱。企业申请书等纸质材料由推荐单位留存备查。
省民营科技企业协会对地方上报备案企业名单在江苏省民营科技企业协会网站公示5个工作日，无异议的，纳入备案范围，赋予备案编号，并在江苏省民营科技企业协会网站发布，颁发由江苏省民营科技企业协会统一印制的“江苏省民营科技企业证书”；有异议的，由推荐单位进行核实处理。
江苏省民营科技企业备案有效期为3年，实行动态管理。备案有效期结束后，可按照《工作指引》有关条件和流程重新申请备案，经审核、公示后符合条件的，取得新的备案编号。